Instalar paquetes en R (CRAN)

A veces uno se encuentra con que R no trae todos los paquetes que uno necesita, así que hay que buscar en la lista de paquetes del proyecto para encontrar lo que se ajuste a las necesidades. Después de encontrarlo toca instalarlo. He aquí un ejemplo práctico:

1. Descargamos un paquete para instalar y lo metemos en alguna ubicación. Para este ejemplo vamos a descargar gPdtest, un paquete que maneja ajuste de datos, prueba de hipótesis y generación de datos pseudoaleatorios para la distribución de pareto generalizada. Para esto vamos a la página web del paquete y descargamos el fuente del paquete (Package source) que está en formato tar.gz (recuerda que puede ser cualquier otro paquete que se ajuste a las necesidades particulares, se pueden encontrar muchísimos en la lista de paquetes del proyecto). Supongamos que el paquete gPdtest_0.0.1.tar.gz queda en la carpeta Escritorio del usuario opita (/home/opita/Escritorio).
2. Sin entrar a R, abrimos una consola, nos ubicamos en el sitio donde quedó el paquete. Para este ejemplo, para ubicarme donde descargué el archivo, escribí en consola cd /home/opita/Escritorio.
3. Ejecutamos el comando de instalación en consola: R CMD INSTALL PAQUETE.tar.gz. Para este ejemplo particular: R CMD INSTALL gPdtest_0.0.1.tar.gz.
4. Ahora entramos a R, escribiendo en consola: R.
5. Cargamos el paquete en R con el comando library(). Para el ejemplo sería: library(gPdtest). Así ya se pueden utilizar la lista de funciones para ese paquete. Por ejemplo, para gPdtest se puede probar gPd.fit, gPd.test o rgPd.

Una guía rápida para R

Ya se está volviendo costumbre por aquí dejar las cosas incompletas, pero es que son guías que se van construyendo a medida que voy ganando conocimiento y quisiera poner a disposición de la internet.

Después de la "disculpa", ahora sí viene lo bueno: guía de comandos rápidos para desvararse en R (del proyecto CRAN: The Comprehensive R Archive Network).

¿Cómo hago para...?

...Asignar una variable?

Respuesta: Utilizando el operador -> o <- (una "flecha" hacia la izquierda o hacia la derecha).
Ejemplo: Asignar a x el valor 2: x <- 2 o 2 -> x

...Saber en qué directorio me encuentro?

Respuesta: Con el comando getwd(). Este comando no tiene argumentos.

...Cambiar de directorio?

Respuesta: Con el comando setwd("ruta"). El parámetro ruta va con comillas.
Ejemplo: setwd("/home/opita/Escritorio") para que la ruta quede fijada en la carpeta Escritorio de la sesión de usuario opita.

..Leer un archivo separado por comas?

Respuesta: Utilizando la función read.table(argumentos). Una explicación bien detallada se encuentra en el blog "Acerca de...".

..Visualizar la ayuda en línea?

Respuesta: Utilizando el comando help(funcion) o el símbolo ? antes de la función.
Ejemplo: help(read.table) ó ?read.table para obtener ayuda sobre la función read.table. Para abandonar la ayuda basta con presionar la tecla q.

...Acceder a una columna de un conjunto de datos?

Respuesta: Se puede acceder como si fueran propiedades de un objeto utilizando el símbolo $.
Ejemplo: x$altura, x$longitud, donde x es una variable y altura y longitud son sus columnas (propiedades).

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Para terminar, es recomendable mirar los siguientes recursos (en inglés):

• Documentación de R (una introducción): An Introduction to R (Inglés, pdf).
• Página extensa con más información.

Guía paso a paso para crear gif animados con Avidemux, F-Spot y GIMP en Ubuntu

Hace poco me entró la espinita de crearme un gif animado para pasar un rato agradable, y después de ver las creaciones de @diarionocturno en twitter y los superpoderes de @lafurys, decidí probar suerte pero desde mi ubuntu. A continuación una guía paso a paso, para crear gif animados a partir de un video, haciendo uso del programa de edición de video Avidemux, como también del editor de fotografía GIMP. Antes de empezar, no sobra decir que esta guía está basada en los pasos en inglés descritos aquí.

Primero, hay que instalar los programas. GIMP viene por defecto con Ubuntu, así que ahí lo tenemos. Con avidemux, para instalarlo solo hace falta abrir una terminal (Alt+F2, en el cuadro de texto escribir gnome-terminal y darle aceptar) y darle el comando para instalar el programa: sudo apt-get install avidemux.


Sacar las imágenes JPEG del video

Debemos seleccionar y abrir un video en Avidemux. Para eso vamos a Archivo -> Abrir (File -> Open, porque Avidemux, al igual que mi Ubuntu, están configurado en inglés), y seleccionamos el video que queramos subir. En mi caso es el video que grabé hace mucho de un perro muy chistoso.

El siguiente paso es seleccionar lo que queremos sacar del video a imágenes, con los botones : A/ y /B que se encuentran debajo de la barra de tiempo, en color azul: dejamos rodar el video y en cualquier punto le ponemos en primer botón (A/) y luego el segundo botón (/B).

Ahora, hay que exportar la selección, haciendo click en Archivo -> Salvar -> Salvar Selección como Imágenes JPEG (File ->Save -> Save Selection As JPEG Images..). Luego seleccionar una carpeta en el sistema y guardar todas las imagenes que nos generó.


Cambiar el tamaño de todas las imágenes a la vez

Este paso es opcional, de hecho alguna vez tenía un script que desde nautilus me lo hacía sin tener que hacer tanta vuelta, pero aquí hay una manera muy bonita, con F-Spot. Se va a Archivo -> Importar (File -> Import), se navega hasta la carpeta donde dejamos las imágenes del paso anterior y las seleccionamos todas (CTRL + A) y le damos en el botón Importar (Import). Luego las imágenes quedan en la biblioteca de F-Spot.


Vista de la biblioteca:


Una vez se tengan las fotos en la biblioteca, se vuelven a seleccionar todas allí, y luego se hace Archivo -> Exportar-> Exportar a carpeta (File -> Export -> Export to folder) Y se escogen las propiedades de las imágenes. Se debe escoger el sitio donde se van a almacenar las imágenes, en el método de exportación se debe escoger Salvar los archivos únicamente (save the files only) y lo más importante, donde dice Reducir (Resize) colocar el tamaño en pixeles que deseamos. Para esta prueba lo he dejado en 100 (no mostrado en la imagen).



Creando la animación en GIMP

Abrimos primero una de las imágenes en el programa. Luego, vamos a Archivo -> Abrir como capas (File -> Open As Layers) y seleccionamos todas las imágenes reducidas de tamaño en el paso anterior.

Después, para ver cómo va la animación, vamos a Filters - > Animation -> PlayBack y nos aparece un reproductor como el de la imagen. Le damos el botón de reproducción (Play) para ver cómo las imágenes se mueven.


Ahora, para guardarlo, nuevamente vamos a y le damos Optimize (for GIF). Luego nos sale otra ventana con la imagen. Allí le damos File -> Save As, y debemos guardarlo como un archivo GIF. A continuación nos salen dos ventanas más. La primera, para especificarle que salve todo como animación (save as animation) y la segunda para configurar otras cositas del GIF animado.



Y el resultado final: